Colné režimy s ekonomickým účinkom nazývané aj jednoducho "Ekonomické režimy" sú zabudované do riešenia eCOLKO tak, aby v maximálnej miere čerpali z evidencií vytvorených v rámci eJCD (ECK) a eTranzitu (ECS, ICS, Tranzit).Ťažiskom spracovania je modul Colný sklad, na ktorý nadväzuje modul Aktívny Zušľachťovací Styk, obsahom riešenia je aj Daňový a nedaňový sklad s prepojením na EMCS a Intrastat. Každý z režimov je chápaný ako samostatný systém, ktorého jednotlivé zostavy a scenáre sú nastavované podľa požiadaviek používateľa a podmienok pre prevádzku režimu.