Modul Služby slúži na administráciu implementačných parametrov eCOLKO.
Umožňuje monitorovanie stavu eCOLKO a jeho jednotlivých elektronických služieb, nastavenie notifikácií, a automatických úloh bežiacich na pozadí aj bez spustenia aplikácie používateľom.
Modul umožňuje prezeranie obsahu špecifických súborov a nastavenie pohľadov na evidencie a úlohy bežiace na pozadí, vrátane možnosti preddefinovania používateľských premenných pre jednotlivé scenáre. Napr. preddefinované údaje pre colné vyhlásenia.